Республиканское унитарное предприятие «Центральный научно-исследовательский институт комплексного использования водных ресурсов» поддерживает и постоянно расширяет связи со многими международными организациями и программами, прежде всего с ПРООН (реализация международной программы экологического оздоровления бассейна Днепра), TACИС (проекты Европейского Союза в рамках трансграничного сотрудничества), HELCOM (Финляндия), Международным Офисом воды (Франция), Организацией по экономическому сотрудничеству и развитию (ОЭСР, Франция), UNEP-GRIDA (Норвегия), ОБСЕ, ЕЭК ООН, Центром исследования международного развития (IDRC, Канада), Агентством по охране окружающей среды (SEPA, Швеция), Академией наук Таджикистана, Институтом метрологии и водного управления (Польша) другими правительственными и неправительственными организациями.
Наиболее активно сотрудники РУП «ЦНИИКИВР» участвуют в международных проектах по бассейнам основных рек Республики Беларусь (Западная Двина, Неман, Западный Буг, Днепр и Припять).
Cпециалисты института принимали активное участие в работе международного проекта TRABANT (Сеть международных речных бассейновых районов Восточной части Балтийского моря), выполняемого в рамках программы INTERREG IIIB для региона Балтийского моря, в деятельности Рабочих групп по ЕЭК ООН, различных научных и координационных советов и групп экспертов по проблемам, связанным с изучением, рациональным использованием и охраной водных ресурсов в Европе.
В последние годы значительно расширились связи ученых РУП «ЦНИИКИВР» со своими коллегами из других стран. Многие специалисты института активно участвуют в международных конгрессах, конференциях и симпозиумах в области водных ресурсов и проблем окружающей среды (Великобритания, Дания, Мексика, Норвегия, Объединенные Арабские Эмираты, Россия, Украина, Франция, Эстония, Япония, Германия и др.). 
За последние годы РУП «ЦНИИКИВР» был организатором четырех Международных водных форумов в 2003, 2006, 2010 и 2017 годах с участием представителей разных стран. 
В 2017 году в рамках Международного форума «Водные ресурсы и климат» РУП «ЦНИИКИВР» совместно с проектом «Водная инициатива ЕС плюс для стран Восточного Партнерства» проведен семинар «Стратегическое и среднесрочное планирование водных ресурсов и водохозяйственных систем: рекомендации ОЭСР, подходы и инструменты планирования».
Активно развивается двустороннее сотрудничество предприятия со многими зарубежными партнерами, в первую очередь, с научными исследовательскими организациями России, Германии, Финляндии, Литвы, Польши, Франции, в основе которого лежат взаимные интересы как при решении глобальных, так и региональных научных проблем в области изучения водных ресурсов, их рационального использования и защиты.
В 2017 году заключены соглашения о сотрудничестве в области научных исследований между РУП «ЦНИИКИВР» и федеральным государственным бюджетным учреждением «Российский научно-исследовательский институт комплексного использования и охраны водных ресурсов» (г. Екатеринбург, Российская Федерация), а также соглашение о научно-техническом сотрудничестве с Баварским центром трансфера водных технологий (Германия).
Участие РУП «ЦНИИКИВР» в международном сотрудничестве способствует популяризации его достижений за рубежом, обмену опытом с учеными других стран, повышению уровня исследований, проводимых сотрудниками предприятия, а также привлечению инвестиций в Республику Беларусь.


За последние три года сотрудниками РУП «ЦНИИКИВР» в рамках проектов международной технической помощи выполнено 7 работ:
2015 год
1. Разработан проект Плана управления речным бассейном (ПУРБ) Днепра. ПУРБ прошел обсуждения на общественных слушаниях. Зарубежный участник: Hulla & Cо. Human Dynamics KG (г.Вена, Австрия).
2. Выполнен физико-химический анализ 25 проб поверхностных вод водотоков Днепровского речного бассейна. Зарубежный участник: Hulla & Cо. Human Dynamics KG (г.Вена, Австрия).
3. Выполнен физико-химический анализ 10 проб подземных вод водозабора Новинки г. Минска. Зарубежный участник: Hulla & Cо. Human Dynamics KG (г.Вена, Австрия).
2016 год
1. Выполнена доработка Плана управления речным бассейном (ПУРБ) Днепра. ПУРБ рассмотрен и одобрен Днепровским бассейновым советом на заседании в городе Могилеве в марте 2016 года и рекомендован к передаче органам управления для его последующей реализации. Зарубежный участник: Hulla & Cо. Human Dynamics KG (г.Вена, Австрия).
2. Выполнено математическое моделирование водного режима реки Днепр для современных естественных условий и при размещении каскада из семи ГЭС. Разработаны карты зон затоплений при размещении ГЭС, выполнена оценка объектов, попадающих в эти зоны, и предложены меры по снижению негативного влияния ГЭС, включая базовые меры для всех ГЭС и дополнительные меры для каждой из ГЭС, в том числе общую оценку целесообразности размещения. Зарубежный участник: Hulla & Cо. Human Dynamics KG (г.Вена, Австрия).
3. В рамках работы был проведен отбор и анализ гидрохимических и гидробиологических проб воды для 20 водотоков в бассейне Днепра. Результаты использованы для оценки экологического статуса водотоков при подготовке плана управления речным бассейном Днепра. Зарубежный участник: Hulla & Cо. Human Dynamics KG (г.Вена, Австрия).
2017 год
1. В рамках проекта «Intellectual serveces relative to the OECD Project on implementing activities under the EUWI+ Project in Belarus» подготовлен краткий отчет о подготовке ежегодных отчетов о ходе внедрения EUWI+ в Беларуси и комментарии к ним. Зарубежный участник: The Organisation for Economic Co-operation and Development (ОЭСР).